Nach dem Brand von 1610 begannen die Jesuiten mit der Barockisierung der Kirche am Hof. Die frühbarocke Stuckausstattung in den beiden Kapellen entstand im 1. Viertel 17. Jh. Noch im 17. Jh. kam es zu größeren Umgestaltungen der Kapellen - Teile des Stucks wurden abgeschlagen, größere Leinwandbilder bzw. Fresken eingepasst und die Altäre vergrößert. Auch farblich wurde die originale weiß - goldene Fassung verändert. Insgesamt konnten mindestens 8 Überfassungen festgestellt werden.
Auf Grund eines massiven Wassereinbruchs in der Canisius Kapelle wurden Stuck und Fresken von Carpoforo Tencalla an Decke und Westwand stark in Mitleidenschaft gezogen.

Arbeitsschritte der Restaurierung / Konservierung: 
- Untersuchung der historischen Fassungen (Originalfassung) im Zusammenhang mit 
  baulichen Veränderungen
- Freilegung der originalen Stuckoberfläche
- Festigung gefährdeter Stuckaturen und Goldfassungen
- Salzreduzierungs-Kompressen in den Salzbelasteten Bereichen der Canisius Kapelle
- Kittung und Rekonstruktion verloren gegangener Stuckteile
- Goldretusche bzw. Neufassung des Stucks und der Nullflächen
 

Eingangsaufnahme, Kapelle Hl. Petrus Canisius	Abschlussaufnahme mit wiederentdeckter Beschriftung
Kapelle Pius X: Entdeckung einer abgeschlagenen originalen Stuckdraperie an der Decke. Rechts Probefeld mit zweidimensionalem Rekonstruktionsversuch der Draperie
Kapelle Pius X:  gemalte Rekonstruktion der Stuckdekoration aus dem, 1. Viertel 17. Jh.